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政策研究大学院大学の修士課程には、主に日本語で行われるプログラムと英語で行われるプログラムがあります。
主に日本語で行われる修士課程
このプログラムは以下のコースから構成されています：
- 公共政策プログラム
- 地域政策コース
- 文化政策コース
- インフラ政策コース
- 防災・危機管理コース
- 医療政策コース
- 農業政策コース
- 科学技術イノベーション政策コース
- 国際協力コース
- まちづくり政策コース
- 総合政策コース
英語で行われる修士課程
このプログラムは、以下のコースから構成されています：
- Young Leaders Program
- One-year Master’s Program of Public Policy (MP1)
- Two-year Master’s Program of Public Policy (MP2)
- Macroeconomic Policy Program
- Public Finance Program
- Economics, Planning and Public Policy Program
- Disaster Management Policy Program
- Maritime Safety and Security Policy Program
特に、One-year Master’s Program of Public Policy (MP1) は、政府や国際機関で働くミッドキャリアの行政官向けに設計されており、公共政策の分析・設計能力や管理・運営スキルの向上を目指しています。
この1年制プログラムのカリキュラムは、コア科目、政策専門領域科目、選択科目から構成されており、4つの政策専門領域（経済政策、国際開発政策、国際関係、公共政策）から1つを選択し、専門知識を習得します。
学生は「オーダーメイド」のカリキュラムを設計し、経済政策、行政学、国際関係学などの分野を専門的に学ぶことができます。また、夏に行われるSummer Programでは、学術性と実践的知識を組み合わせた教育が行われます。